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DNA測序儀器揭秘稀有生物圈

[2016/1/5]

    在很多地方,科學家對土壤中生存著哪些生物或者單獨有機體所扮演的新角色幾乎沒有概念。如今,土壤學家表示,一套全新的工具能幫助研究人員填補這些空白,包括先進的DNA測序方法能決定一份泥土或水樣本中生活著多少種微生物。    

    生態學家和生物保護學家深入挖掘泥土的時候到了——以便更好地了解對健康生態系統和人類食物供應至關重要并且可能提供了豐富潛在抗生素資源的土壤生物。    

    這項要求擴大了常常被忽略的關于地下生物多樣性研究的呼吁,被收納進一個為迎接12月5日世界土壤日而推出的論文匯編中。    

    “盡管過去數十年取得了顯著進展,但目前的土壤生態學仍落后于地上生態學。我們對地下世界的了解相對有限。”德國柏林自由大學土壤生態學家Stavros Veresoglou在發表于《自然—通訊》雜志的一篇論文中表示。研究人員表示,尤其是對土壤生物滅絕風險的研究驚人地匱乏。  

    “我們需要研究土壤中的滅絕現狀,而現在是時候開始了。”論文共同作者、柏林自由大學土壤微生物學家Matthias Rillig表示,“考慮到在土地利用和全球氣候變化方面人類正在對地球所做的事情,土壤學家普遍擔心我們可能正錯過一些正在發生的事情。”    

    論文作者表示,一些研究已記錄了由于物種入侵或氣候條件發生變化而導致蚯蚓和分解樹木的真菌出現的地方性滅絕。不過,研究人員很容易低估土壤生物滅絕風險,部分原因在于認為土壤微生物和其他地下生物在全球廣泛分布的觀點在作祟。在很多地方,科學家對土壤中生存著哪些生物或者單獨有機體所扮演的新角色幾乎沒有概念。    

    如今,土壤學家表示,一套全新的工具能幫助研究人員填補這些空白,包括先進的DNA測序方法能決定一份泥土或水樣本中生活著多少種微生物。比如,一些研究人員正利用此類工具揭秘所謂的稀有生物圈——以很低豐度存留在土壤樣本中的大量多元化微生物。    

    “如果我們能理解稀有生物圈,或許就可以斷定土壤生物是否面臨著滅絕風險。”美國加州大學戴維斯分校微生物學家Jonathan Eisen表示。不過,一個挑戰是測序工具無法決定探測到的DNA來自活的還是死的生物。同時,由于微生物能快速繁殖,它們的數量會隨著季節或天氣而改變。因此,一些東西現在很罕見,并不意味著在其他時候也很罕見。