財政部、科技部聯合頒布新修訂的《科學事業單位財務制度》(以下簡稱《財務制度》)，自2013年1月1日開始實施。從修訂內容看，對于科學事業單位的預算管理、項目管理和資產管理等更趨科學化精細化。

　　隨著我國公共財政體制的逐步完善和科技體制改革的不斷深入，1997年財政部、原國家科委頒布的《科學事業單位財務制度》部分內容已不能完全適應新要求。據財政部教科文司有關負責人介紹，這次修訂的主要內容有：

　　加強了科學事業單位的預算、收支和結轉結余管理。一是要求單位所有的收入和支出全部納入單位預算，完善了預算編制程序;加強預算執行管理，嚴格預算執行制度，盡量減少預算執行過程中的調整;增加決算管理內容，強化決算管理，體現預決算管理的完整性。二實行了“大收大支”管理，修改完善財政補助收入和事業支出的定義，在事業收入中新增教學活動收入，在支出管理中增加了部門預算、國庫集中支付、政府采購、票據管理等制度改革和管理有關要求。三是將原結余劃分為結轉和結余并實行不同管理;將結轉和結余又劃分為財政撥款結轉和結余、非財政撥款結轉和結余兩部分，并分別作出原則性規定，以滿足對這兩類不同性質的資金管理需要。

　　加強科研項目資金管理。一是明確單位是科研項目預算管理的責任主體，對科學、合理、真實地編制科研項目預算提出了明確要求，并規定科研項目經費預算要按要求進行公開等。二是明確規定科研項目資金，應當按照國家有關規定或者合同要求進行管理，不得截留、擠占、挪用和違反規定轉撥資金，不得虛列支出，不得以任何形式謀取私利。三是針對目前部分科研項目存在結題后長期掛賬、不按規定結題結賬、對結轉結余經費不按規定執行等情況，對科研項目資金結轉結余進行了規范。

　　加強科學事業單位資產管理，規范了內部成本費用核算。一是新制度提高了固定資產單位價值標準，將單位價值從500元以上提高到1000元以上。二是明確規定單位應當在保證正常運轉和事業發展的前提下對外投資，并履行相關審批程序;強調科學事業單位不得使用財政撥款及其結余進行對外投資，不得從事股票、期貨、基金、企業債券等投資。三是要求單位建立資產共享共用制度。四是明確規定對固定資產計提折舊，對無形資產進行攤銷，以真實反映單位固定資產和無形資產的價值，為實施內部成本費用管理打下基礎，創造便利條件。同時，對固定資產計提折舊辦法和無形資產攤銷辦法作了原則性規定，規定折舊和攤銷不在單位當期支出中反映，對單位的正常支出管理不產生沖擊。

　　《財務制度》規定，具備條件的科學事業單位應當在支出管理的基礎上，按照財務主管部門和財政部門的要求或者根據業務發展需要，以科研項目為基本核算對象實施內部成本費用管理，并對內部成本核算的對象、方法、各類成本費用的界定和劃分等進行了統一的規定，建立起比原制度更加規范的成本費用管理辦法，促進科學事業單位加強經濟核算，加強績效管理。

　　《財務制度》增設了“財務監督”一章。一是要求對單位財務運行的全過程實施監督，包括對預算管理、收入管理、支出管理、科研項目資金管理、結轉和結余管理、專用基金管理、資產管理、負債管理等的監督。二是明確實行事前監督、事中監督、事后監督相結合，日常監督與專項監督相結合。三是要求單位應當建立健全內部控制制度、經濟責任制度、財務信息披露制度等監督制度，并依法接受財務主管部門和財政、審計部門的監督。