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PCR擴增產物鑒定與純化實驗原理及實驗過程
[2015/3/24]
實驗原理
瓊脂糖凝膠電泳鑒定PCR擴增產物。(原理參照瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA實驗)
本實驗使用了TaKaRa公司的膠純化試劑盒(Agarose Gel DNA Purification Kit),該試劑盒是從瓊脂糖凝膠中回收并純化DNA片段的試劑盒。試劑盒采用了獨特的凝膠融解系統,結合DNA制備膜技術,具有高效、快速、方便的特點,全套操作只需30min便可完成。使用該試劑盒每次可純化得到多至10µg的DNA片段(100bp~30kb),回收率高達50~80%。本試劑盒回收純化的DNA片段純度高,完整性好,可直接用于連接反應、PCR擴增、DNA測序等各種分子生物學實驗。
經膠純化試劑盒回收的DNA片段采用-20℃低溫保存,延緩DNA的降解。
實驗試劑
1. PCR擴增產物
2. Agarose Gel DNA Purification Kit (TaKaRa)
3. 瓊脂糖
4. 1×TAE
5. 6×Loading Buffer
6. DNA Marker 2000
實驗設備
1. 瓊脂糖凝膠電泳系統
2. 紫外透射儀
3. 臺式離心機
4. 移液槍(配套槍頭)
5. -20℃低溫冰箱
6. 分析天平
實驗材料
1. 單面刀片
2. 純化試劑盒
3. 1.5mL離心管
4. 超純水(無菌)
實驗步驟
1. 使用1×TAE緩沖液制作瓊脂糖凝膠,然后對目的DNA進行瓊脂糖凝膠電泳。(參照瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA實驗)
2. 在紫外燈下切出含有目的DNA(約600bp)的瓊脂糖凝膠,用紙巾吸盡凝膠表面的液體。此時應注意盡量切除不含目的DNA部分的凝膠,盡量減小凝膠體積,提高DNA回收率。
注意:切膠時請注意不要將DNA長時間暴露于紫外燈下,以防止DNA損傷。
3. 切碎膠塊。膠塊切碎后可以加快操作步驟6的膠塊融化時間,提高DNA的回收率。
4. 稱量膠塊重量,計算膠塊體積。計算膠塊體積時,以1mg=1µL進行計算。
5. 向膠塊中加入膠塊融化液DR-I Buffer,DR-I Buffer的加量如下表:
凝膠濃度 DR-I Buffer 使用量
1% 3個凝膠體積量
1%-1.5% 4個凝膠體積量
1.5%-2% 5個凝膠體積量
6. 均勻混合后75℃加熱,融化膠塊(低熔點瓊脂糖凝膠只需在45℃加熱)。此時應間斷振蕩混合,使膠塊充分融化(約6~10分鐘)。
注意:膠塊一定要充分融化,否則將會嚴重影響DNA的回收率。
7. 向上述膠塊融化液中加入DR-I Buffer量的1/2體積量的DR-II Buffer,均勻混合。當分離小于400 bp的DNA片段時,應在此溶液中再加入終濃度為20%的異丙醇。
8. 將試劑盒中的Spin Column安置于Collection Tube上。
9. 將上述操作7的溶液轉移至Spin Column中,12000 rpm離心1min,棄濾液。
注意:如將濾液再加入Spin Column中離心一次,可以提高DNA的回收率。
10. 將500 µL的Rinse A加入Spin Column中,12000 rpm離心30s,棄濾液。
11. 將700 µL的Rinse B加入Spin Column中,12000 rpm離心30s,棄濾液。
12. 重復操作步驟11。
13. 將Spin Column安置于新的1.5 mL的離心管上,在Spin Column膜的中央處加入25 µL的滅菌蒸餾水或Elution Buffer,室溫靜置1min。
注意:使用加熱至60℃的滅菌蒸餾水或Elution Buffer有利于提高洗脫效率。
14. 12000 rpm離心1min洗脫DNA。
-20℃低溫保存純化的目的DNA片段。