在分析組分簡單的樣品時最好采用等溫程序，這樣分析周期較短，特別是用填充柱時，氣相色譜儀色譜圖基線要比程序升溫平穩得多。但是在等溫分析時，基線也常會出現上下波動，不規則漂移。

恒溫分析時，造成基線不規則漂移，與氣體流速、柱系統、檢測器、溫控系統等有關，如氣體泄漏、比例調節不當、色譜柱污染或柱流失嚴重，檢測器污染或損壞等，都會造成基線不規則漂移，主要表現為：

1載氣不穩定，可能漏氣；

2氫火焰離子化檢測器中，氫氣與空氣比例調節不穩定；

3色譜固定相流失，在使用高靈敏度檢測器時尤其明顯；

4色譜柱前段被高沸點物質污染；

5色譜柱出口與檢測器連接的管道不干凈；

6熱導檢測器熱敏元件損壞；

7離子化檢測器的靜電計損壞或者預熱不夠；

8熱導池檢測器的電橋部分出故障；

9記錄儀故障；

10儀器防止位置不適宜，附近有出風口、熱源或溫度變化較大的設備等；

11儀器接地不良。