從感染者體內或其排泄物中檢出導致該感染的病原體，即病原學診斷，是診斷感染性疾病最可靠的依據。病原學診斷對感染性疾病至關重要，常常在很大程度上影響治療效果和疾病的轉歸，甚至起決定性的作用，這一點與其他類型的臨床疾病有所不同。

　　檢測病原體進行感染性疾病病原學診斷的手段包括以下4個方面。

　　(一)檢出完整的病原體

　　例如，在疑似患者的宮頸分泌物拭子直接涂片中查見革蘭陰性雙球菌，可診斷淋病;血培養查見金黃色葡萄球菌可診斷金黃色葡萄球菌敗血癥。

　　(二)檢出病原體的抗原成分或機體對其免疫應答所產生的抗體

　　例如，檢測血清標本中的乙型肝炎病毒表面抗原、e抗原、核心抗原及其相應抗體等。根據檢出結果的不同表現模式，判定患者乙型肝炎病毒感染的不同狀態。

　　(三)檢出病原體的基因成分

　　抽提送檢標本的核酸，用診斷該病原體的基因探針與核酸抽提物進行分子雜交，然后用某種相應的方法(如放射性自顯影法、化學顯色法、發光法等)顯示雜交分子的存在，即可確定待測基因的存在，亦即病原體在患者體內的存在。若采用聚合酶鏈反應(PCR)將待測基因拷貝數擴增放大(可達數十萬甚至數百萬倍)后，再對擴增產物進行分子雜交檢測，則可大大提高檢測靈敏度。

　　(四)檢出病原體的代謝產物

　　例如，經特殊染色后，從疑似患者的尿液、唾液、胃液細胞沉渣中檢出特征性的巨細胞包涵體，可確診巨細胞病毒感染。

　　總之，病原學檢測手段很多，但各有其優點和局限性。在實際應用時，必須根據需要選擇最適當的檢測手段。例如，直接檢出完整的病原體是感染性疾病病原學診斷的金標準，但在臨床應用時，常常由于以下一些原因使靈敏度或應用范圍受到限制：①在采集送檢標本前，患者已經使用了大量的抗感染藥物，可能使病原體培養的陽性率降低。②培養所需的時間太長，特別是結核分枝桿菌的培養需要6周甚至更久，有時不能滿足臨床快速診斷的要求。例如，當患者顱內感染需盡快明確病原學診斷時，就不能久等培養結

　　果。③某些病原微生物(如病毒、衣原體等)因培養所需的技術設備條件要求太高，難以在一般醫院廣泛推行。有的病毒目前還不能進行臨床意義上的實驗室培養，例如乙型肝炎病毒等。④有些病原體僅為條件性致病菌;有些病原體以無癥狀攜帶的方式存在于機體。如傷寒桿菌慢性攜帶者的大便中可檢出大量傷寒桿菌，此時，檢出的傷寒桿菌并不一定即為患者當前所患疾病的病因，必須結合臨床全面評估，才能對其病原學意義作出恰當的判斷。

　　相對于通過培養檢出完整的病原體而言，檢測病原體的抗原成分或相應的抗體是較為簡便易行的病原學實驗診斷方法，也是感染性疾病病原學診斷技術發展的重要方向之一。需要指出的是，當送檢標本中的病原體數量較低時，病原體抗原成分的檢出率可能受到檢測靈敏度的限制;另一方面，檢測機體免疫應答所產生的抗體有時亦不能完全滿足臨床的需求。由于IgG型抗體陽轉的時相通常處于病程后期，難以用于急性感染的早期診斷;因此，研制IgM型抗體的檢測藥盒是此類診斷技術開發研究的一個重點。此外，機體內出現各種病原體(包括其基因物質)、代謝產物及免疫應答產物時各自遵循一定的動力學規律，其出現的時相可以類似或彼此重疊，也可以相差很大。以傷寒為例，在病程第1～2周時，血培養、骨髓培養的傷寒桿菌檢出率可達80%一90%，以后陽性率逐漸降低;在病程第3～5周時，大便培養傷寒桿菌的陽性率可達60%一85%，尿培養也可達到30%左右;檢測傷寒桿菌菌體抗原和鞭毛抗原相應抗體的肥達反應通常在病程的第1周開始出現陽性，以后陽性率逐漸遞增，病程第4周陽性率可達90%。為了提高病原學的準確性和可靠性，應當按照上述規律，根據不同時期選擇最佳的檢測手段。