用于親和色譜的理想載體應具有下列特性：⑴不溶性：不溶于水;⑵滲透性：疏松網狀結構，容許大分子自由通過;⑶有一定硬度，最好為均一的珠狀;⑷具有大量可供反應的化學基團，能與大量配基共價連接;⑸非特異性吸附能力極低;⑹能抗微生物和酶的侵蝕;⑺有較好的化學穩定性;⑻親水性。選擇配基根據對純化大分子的特異性的全面認識。

　　選擇也的配基有兩條標準：第一是蛋白質和配基之間必須有強的親和力，解離常數在5mM以上不是好配基;相反親和力太高也是有害的，因為在解離蛋白質──配基復合物時所需的條件就要強烈，這樣可能使蛋白質變性。例如用抗生物素蛋白作配基純化含生物素的羧化酶時，生物素──抗生物素蛋白復合物的解離常數達10-15M，解離時需要pH1.5，6M鹽酸胍，在這種條件中。羧化酶大多數已經變性。選擇配基的第二個標準是，配基必須具有適當的化學基團，這種基團不參與配基與蛋白質之間特異結合，但可用于活化和載體相連接，同時又不影響配基與蛋白質之間的親和力。

　　瓊脂糖凝膠親水性強，理化性質穩定(商品名：Sepharose);聚丙烯酰胺凝膠理化性質穩定，耐有機溶劑及去污劑，抗微生物能力強，特別適應用配基與提取物親和力比較弱的物質。葡聚糖凝膠：有良好的化學及物理性質，孔經小。纖維素非特易吸附嚴重，廉價，易得。